核心知識產(chǎn)權(quán)不達(dá)標(biāo)。根據(jù)《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》第三章第十一條第（二）款，企業(yè)須通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產(chǎn)品（服務(wù)）在技術(shù)上發(fā)揮核心支持作用的知識產(chǎn)權(quán)的所有權(quán)。核心自主知識產(chǎn)權(quán)主要依靠專利來判斷。專利分為發(fā)明、實用新型和外觀專利。部分企業(yè)存在以下問題：一是個別制造企業(yè)取得的專利為實用新型或外觀專利，無實質(zhì)性產(chǎn)品制造工藝發(fā)明專利，高新技術(shù)含金量不高，無法長時間在一個行業(yè)或區(qū)域形成核心競爭力；二是企業(yè)專利取得多為外購，不經(jīng)過消化吸收直接應(yīng)用生產(chǎn)，基本沒有研發(fā)過程；三是專利受讓、受贈時間短，企業(yè)當(dāng)年購買專利，憑借相關(guān)資料申報高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定，很難證明購買的專利屬于“其主要產(chǎn)品（服務(wù)）的核心技術(shù)”。 

科技研發(fā)人員不明晰。根據(jù)《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》第三章第十一條第（ 四） 款，企業(yè)從事研發(fā)和相關(guān)技術(shù)創(chuàng)新活動的科技人員占企業(yè)當(dāng)年職工總數(shù)的比例不低于10%。企業(yè)普遍存在以下問題：一是科技人員工作時間難確認(rèn)。企業(yè)聯(lián)合外地科研單位外聘科研人員時，難以判斷外聘人員是否符合到崗規(guī)定天數(shù)的時間要求。二是研發(fā)人員身份難確認(rèn)。企業(yè)申報材料中有研發(fā)人員同時兼企業(yè)管理人員，此類人員是否參與研發(fā)活動或是否具備科研技能難判別。三是企業(yè)研發(fā)人員比例不正確。部分企業(yè)申報高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定時，瞞報或少報生產(chǎn)人員總數(shù)，以求研發(fā)人員比例達(dá)到標(biāo)準(zhǔn)。四是企業(yè)生產(chǎn)人員的范圍不正確。企業(yè)申報時是否將未參加社會保險人員算作生產(chǎn)人員納入高新技術(shù)企業(yè)計算基數(shù)，直接影響企業(yè)研發(fā)人員的比例是否符合要求。 

產(chǎn)品營銷管理不合規(guī)。根據(jù)《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》第三章第十一條第（ 六） 款，企業(yè)近一年的高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入占企業(yè)同期總收入的比例不低于60%。部分企業(yè)存在以下問題：一是發(fā)票不開具高新產(chǎn)品名稱，銷售收入歸集難。高新技術(shù)產(chǎn)品銷售開票項目只寫統(tǒng)稱，僅在規(guī)格欄中注明代碼，發(fā)票對應(yīng)的銷售收入難鑒別是否屬高新產(chǎn)品。二是發(fā)票、銷售明細(xì)賬上貨物名稱難確定是否為高新產(chǎn)品。申報產(chǎn)品使用專用術(shù)語，企業(yè)發(fā)票、明細(xì)賬使用通用名，難以確定兩者是否一致。三是產(chǎn)品貼其他企業(yè)商標(biāo)。部分集團性企業(yè)的產(chǎn)品商標(biāo)使用集團企業(yè)產(chǎn)品商標(biāo)，難確認(rèn)是否符合規(guī)定。四是企業(yè)總收入范圍難確定。企業(yè)總收入范圍是否包括其他業(yè)務(wù)收入、營業(yè)外收入，在實際執(zhí)行中認(rèn)定存在分歧。五是銷售收入數(shù)據(jù)不正確。高新產(chǎn)品銷售收入與納稅人日常申報資料數(shù)據(jù)不一致，個別企業(yè)數(shù)據(jù)差異較大。 

研發(fā)費用核算不獨立。根據(jù)《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》第三章第十一條第（ 五） 款，企業(yè)近三個會計年度或?qū)嶋H經(jīng)營時間的研究開發(fā)費用總額占同期銷售收入總額的比例達(dá)到一定標(biāo)準(zhǔn)；根據(jù)國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策有關(guān)問題的公告（ 國家稅務(wù)總局公告［2015］ 第97 號），企業(yè)應(yīng)按照國家財務(wù)會計制度要求，對研發(fā)支出進行會計處理。研發(fā)項目立項時應(yīng)設(shè)置研發(fā)支出輔助賬，由企業(yè)留存?zhèn)洳?；年末匯總分析填報研發(fā)支出輔助賬匯總表，并在報送《年度財務(wù)會計報告》的同時隨附注一并報送主管稅務(wù)機關(guān)。部分企業(yè)存在以下問題：一是研發(fā)費用未單獨分開核算和專賬管理。在科目設(shè)置上單獨設(shè)置研發(fā)支出，也未對研發(fā)項目進行相應(yīng)的費用歸集。二是研發(fā)費用的歸集數(shù)據(jù)不正確。主要表現(xiàn)在研發(fā)人員的工資計算歸集不正確。三是研發(fā)與生產(chǎn)不能區(qū)分。部分企業(yè)未設(shè)置研發(fā)部門，企業(yè)投入的材料等直接領(lǐng)用到生產(chǎn)一線，投入產(chǎn)品生產(chǎn)，這些投入是否屬研發(fā)投入無法鑒別。四是研發(fā)費用非企業(yè)歸集。部分企業(yè)申請高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定時，申報工作由專門部門負(fù)責(zé)，財務(wù)部門不參與，申報資料上的數(shù)據(jù)在財務(wù)部門無法核實。